有幽门螺杆菌感染的人群发生食管腺癌的风险降低 。 Meta研究显示 ， 有幽门螺杆菌感染病人食管腺癌风险减少41% 。 幽门螺杆菌能导致胃炎 ， 减少胃酸产生 ， 降低食管上皮暴露于酸成分 ， 减少Barrett食管和腺癌形成风险 。 大部分病例去除幽门螺杆菌后 ， 没有产生或是加重GERD 。 没有发现幽门螺杆菌和食管鳞癌之间明确的联系 。

有报道食管腺癌与阿伦磷酸钠使用有关 ， 然而进一步研究结论相互矛盾 。 人类乳头状瘤病毒可能增加食管鳞癌风险 ， 但证据仍不充分 。 另外患食管运动疾病 - 弛缓不能的病人患食管鳞癌的风险增加10倍 。

遗传风险因素

Barrett食管和腺瘤具有家族群发性 ， 基因组范围内联合种系相关分析在三个候选基因中鉴定出11%的Barrett食管和腺瘤具有胚胎突变 ， 这三个候选基因是 MSR1、ASCC1和CTHRC1 。

突变的MRS1同cyclinD1过度表达有关 ， 导致快速的细胞周期进展 。 在另一项基因组关系研究鉴定出Barrett食管和腺瘤的易感位点 ， 位于 CRTC1（编码 CREB 调节转录因子）、BARX1（食管特异性相关蛋白）和 FOXP1（食管分化相关蛋白） 。

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